Du design du suivi, jusqu’aux analyses statistiques, en passant par traitement des données acoustiques le suivi acoustic passif nécessite du code.
Pour assurer la reproductibilité des analyses, il est important de rendre accessible les scripts utilisés.
Plusieurs solutions existent pour gérer la sauvegarde et le partage de code. La plupart se basent sur Git.
Git
Git est un logiciel permettant la gestion de versions de documents au format texte (.txt, .csv, .R, .py etc…).
Sa prise en main nécessite un peu de temps mais il existe beaucoup de ressources pédagogiques en ligne.
Git permet de gérer le code localement sur votre ordinateur, mais il peut être connecté à des services en ligne permettant d’effectuer des sauvegardes mais aussi de rendre accessible le code publiquement.
Dépôts Git en ligne
Parmis les plus communs on citera:
- GitHub
- GitLab
- BitBucket
- Gitea
- Codeberg
Chacun a ses spécificités mais le fonctionnement reste similaire.
Si vous ne savez pas par où commencer, choisissez GitHub, c’est le plus populaire.
Et pour les gros fichiers ?
Git et les services associés en ligne sont très utiles pour gérer de fichiers au format texte. Ils permettent de gérer principalement les scripts de code et les tableaux de données brutes. Malheureusement, ils ne sont pas adaptés à la gestion des fichiers binaires. Images, pdf, documents Microsoft (Excel, Word) et bien sûr… fichiers audio.
Par ailleurs, le volume que représente ces fichiers est parfois considérable. Si la taille du jeu de données est raisonnable, il existe cependant des solutions adaptées.